8 marca 1945 r. pełniąc obowiązki prezesa Zarządu Głównego SN został aresztowany. Był sądzony w głośnym „Procesie 16” w Moskwie, który rozpoczął się 18 czerwca 1945 r. Kazimierz Kobylański został uniewinniony. Po wojnie usiłował wznowić legalną działalność Stronnictwa Narodowego (Biuletyn Stronnictwa Narodowego, 1990 r.).